در گرایش مهندسی کشتی، علوم و فنون مربوط به اداره امور فنی کشتی‌ها آموزش داده می‌شود تا فارغ‌التحصیلان بتوانند هدایت فنی کشتی‌ها را بر عهده بگیرند. مهندسان کشتی به عنوان مدیر فنی کشتی مسئول تعمیر، نگهداری و راه‌اندازی موتور کشتی هستند و به همین دلیل دانشجویان این رشته پس از آن که آموزش‌های تئوری را در مدت سه سال و نیم طی کردند، یک دوره کارآموزی ۶ ماهه را بر روی کشتی‌های اقیانوس‌پیما در خارج از کشور در آب‌های استرالیا، بنادر اروپا، آسیای جنوب شرقی، سنگاپور، چین و کره می‌گذرانند.

 کشور ما یکی از بزرگ‌ترین خریداران کشتی در دنیا است و ما هر سال صدها میلیون دلار کشتی شامل کشتی‌های عظیم ۵۰۰ هزار تنی برای حمل و نقل نفت و کشتی‌های کوچک‌تر برای حمل‌ و نقل کالا می‌خریم. افزون بر این، بیشتر کشتی‌های ما در کشورهای خارجی تعمیر می‌شوند. از این‌رو، این رشته به تربیت نیروهای متخصص مورد نیاز سازمان‌های دریایی به خصوص کارخانجات کشتی‌سازی می‌پردازد. مهندس این رشته، کشتی می‌سازد اما دریانوردی نمی‌کند. دانشجوی این رشته پس از گذراندن آموزش‌های تئوری، کارآموزی خود را در کارخانجات کشتی‌سازی داخلی می‌گذراند.

مهندسی کشتی‌سازی در واقع یکی از زیرشاخه‌های مکانیک است و شاید به همین دلیل دانشگاه صنعتی شریف این رشته را به عنوان «مهندسی مکانیک گرایش دریا» ارائه می‌دهد. البته باید توجه داشت در دانشگاه صنعتی امیرکبیر که رشته مهندسی کشتی‌سازی به عنوان یک رشته مجزا مطرح است، درس‌ها تخصصی‌تر ارائه می‌شوند. برای مثال اگر دانشجویان رشته مکانیک گرایش دریا «ارتعاشات» را به طور عام در رشته مکانیک می‌خوانند، دانشجویان مهندسی کشتی‌سازی «ارتعاشات در کشتی»‌ را مطالعه می‌کنند. در واقع، این دو رشته تفاوت چندانی با یکدیگر ندارند و واحدهای هر دو رشته یکسان هستند، فقط دانشجویان مهندسی کشتی‌سازی به طور تخصصی‌تر به مطالعه این رشته می‌پردازند.

هدف گرایش کشتی‌سازی تامین کارشناسان و طراحان صنایع دریایی کشور و تامین نیروی انسانی متخصص مورد نیاز سازمان‌های دریایی به‌ویژه کارخانجات کشتی‌سازی و صنایع وابسته دریایی، تعمیر کشتی و کشتیرانی‌ها است. مسئولیت طراحی، ساخت و نظارت بر ساخت کشتی و تعمیرات آن بر عهده مهندس کشتی‌سازی است. ادامه تحصیل در این رشته در سطوح بالاتر از کارشناسی به عنوان کارشناسی ارشد سازه کشتی آرشیتکت کشتی در داخل کشور موجود است و نیاز به ایجاد مقاطع کارشناسی ارشد دیگر و دکتری در داخل کشور مورد تایید قرار گرفته است. این مجموعه می‌تواند با به کار بردن علوم مهندسی و تکنولوژی مربوط، طرح، محاسبه، ساخت و اجرای سیستم‌هایی که اساس کارشان سکون و حرکت در سیالات بالاخص در آب است کارآیی لازم را به دانشجویان بدهد و آنان را آماده کند تا در صنایع وابسته به ساخت سازه‌های دریایی به طور اعم و صنایع کشتی‌سازی به طور اخص فعالیت‌های مربوط به طراحی و محاسبه اجزا و سیستم‌ها یا مسئولیت مهندسی را عهده‌دار شوند. فارغ‌التحصیلان این رشته می‌توانند در سازمان‌ها و ارگان‌های مختلف مشاغلی از قبیل مهندسی، طراحی و تولید برای اجرای طرح‌های ساختمانی شناورها و سازه‌های دریایی، مشارکت در امور تحقیقاتی در زمینه‌های فوق‌الذکر و غیره را عهده‌دار شوند. داوطلبان این دوره باید از دانش ریاضی، فیزیک،‌ مکانیک و تا حدی شیمی آلی و معدنی برخوردار باشند. دروس این دوره شامل دروس عمومی، پایه و تخصصی است و دروس عملی و کارآموزی را نیز شامل می‌شود.

هدایت و رهبری کشتی و مدیریت نیروی انسانی شاغل بر روی کشتی وظیفه مهندس دریانوردی است. به عبارت دیگر مهندس دریانوردی مسئولیت راه‌اندازی کشتی و هدایت آن را بر عهده دارد. به همین دلیل اساتید رشته مهندسی دریا معتقدند این رشته را نباید یکی از گرایش‌های مهندسی دریا به شمار آورد زیرا مهندس دریا به عنوان کاپیتان کشتی مسئولیت راهبری و مدیریت کشتی را بر عهده دارد و حرفه‌اش یک کار فنی یا مهندسی نیست.

دروس دانشجویان گرایش کشتی‌سازی در سه زمینه برق، مکانیک و عمران است. واحدهای دانشجویان مهندسی کشتی نیز شامل مکانیک و برق می‌شود چون آن‌ها باید درباره موتور کشتی اطلاعات دقیقی به دست آورند اما دانشجویان دریانوردی با این که تا حدودی مسائل فنی را می‌خوانند اما مقدار قابل توجهی از درسهای‌شان ارتباطی با مسائل فنی ندارد. برای مثال مطالعه آب و هوا، جغرافیا و چگونگی یافتن مسیرها از جمله درس‌های این گرایش است که ارتباطی با دروس رشته‌های مهندسی ندارد. گفتنی است  افزون بر آزمون سراسری، موسسه آموزش کشتی‌رانی نیز از طریق کنکور اختصاصی خود تعدادی دانشجو در این رشته می‌پذیرد و بورسیه می‌کند که  پس از اتمام تحصیل، گواهینامه پایان دوره دریانوردی اعطا می‌شود.

در این گرایش علوم و فنون مربوط به هدایت و اداره امور کشتی‌ها آموزش داده می‌شود و هدف تربیت افراد در حد کارشناسی دریانوردی است طول متوسط این دوره ۴ سال است و آموزش به صورت دروس عملی، نظری، کارورزی روی کشتی در دریاست که ابتدا در دانشگاه سپس روی کشتی و ترم‌ آخر دوباره در دانشکده صورت می‌گیرد. فارغ‌التحصیلان این دوره به عنوان کارشناس آمادگی و صلاحیت هدایت کشتی‌ها و اداره امور مربوط به شرکت‌های کشتی‌رانی را دارند. علاقه‌مندان این رشته باید از سلامتی کامل برخوردار باشند و ناتوانایی‌هایی نظیر کوررنگی که مانع انجام وظیفه می‌شود، نداشته باشند و نیز مایل به کار و مسافرت در دریاها باشند. این رشته بیشتر برای بورسیه‌های ارگانهای دریایی کشور مناسب است.